ในการดำเนินคดีอาญาตามปกติซึ่งจะต้องดำเนินการตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญานั้น สำนักงานคณะกรรมการ ก.ล.ต. ในฐานะผู้มีหน้าที่กำกับดูแลตามพระราชบัญญัติหลักทรัพย์ พ.ศ.2535 (พ.ร.บ.หลักทรัพย์ฯ) พระราชบัญญัติกองทุนสำรองเลี้ยงชีพ (พ.ศ.2530) (พ.ร.บ.กองทุนฯ) พระราชกำหนดนิติบุคคลเฉพาะกิจเพื่อการแปลงสินทรัพย์เป็นหลักทรัพย์ พ.ศ.2540 (พ.ร.ก.นิติบุคคลเฉพาะกิจฯ) และพระราชบัญญัติสัญญาซื้อขายล่วงหน้า พ.ศ.2546 (พ.ร.บ.อนุพันธ์และตลาดอนุพันธ์ฯ) จะดำเนินการกล่าวโทษ ต่อพนักงานสอบสวนเพื่อสอบสวนและดำเนินคดีกับผู้กระทำความผิดอย่างไรก็ตาม มาตรา 317 แห่ง พ.ร.บ.หลักทรัพย์ฯมาตรา 42แห่ง พ.ร.บ.หลักทรัพย์ฯ แห่งพ.ร.บ.กองทุนฯมาตรา 43 แห่งพ.ร.ก. นิติบุคคลเฉพาะกิจฯ และมาตรา155​แห่งพ.ร.บ.สัญญาซื้อขายล่วงหน้าฯ กำหนดให้ความผิดตามประเภทที่กำหนด สามารถเปรียบเทียบความผิดได้โดยคณะกรรมการเปรียบเทียบที่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังแต่งตั้งโดยให้ถือว่าคดีเป็นอันเลิกกันหากได้ยอมรับการเปรียบเทียบและชำระค่าปรับครบถ้วน ภายในระยะเวลาที่กำหนด สำหรับกรณีความผิดที่ไม่ได้ระบุไว้ในมาตราที่กล่าวข้างต้น ซึ่งไม่สามารถเปรียบเทียบปรับได้หรือกรณีที่ผู้กระทำผิดไม่ยินยอมรับการเปรียบเทียบความผิด สำนักงานคณะกรรมการ ก.ล.ต. จะดำเนินการกล่าวโทษต่อพนักงานสอบสวนกองบังคับการสืบสวนสอบสวนคดีเศรษฐกิจ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ หรือพนักงานสอบสวนคดีพิเศษ กรมสอบสวนคดีพิเศษ กระทรวงยุติธรรม แล้วแต่ลักษณะความผิดเพื่อดำเนินการตรวจสอบหรือรวบรวมพยานหลักฐานตามประมวลกฎหมาย วิธีพิจารณาความอาญาต่อไป โดยหากพนักงานสอบสวนเห็นว่ามีการกระทำที่เข้าข่ายเป็นการปฏิบัติฝ่าฝืนกฎหมาย ก็จะส่งเรื่องให้พนักงานอัยการพิจารณาสั่งฟ้องคดีต่อศาลอาญาต่อไป