ในการดำเนินคดีอาญาตามปกติซึ่งจะต้องดำเนินการตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญานั้น ก.ล.ต. ในฐานะผู้มีหน้าที่กำกับดูแลตามพระราชบัญญัติหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ พ.ศ.2535 พระราชบัญญัติกองทุนสำรองเลี้ยงชีพ พ.ศ.2530 พระราชกำหนดนิติบุคคลเฉพาะกิจเพื่อการแปลงสินทรัพย์เป็นหลักทรัพย์ พ.ศ.2540 พระราชบัญญัติสัญญาซื้อขายล่วงหน้า พ.ศ.2546 และพระราชบัญญัติทรัสต์เพื่อธุรกรรมในตลาดทุน พ.ศ. 2550 จะดำเนินการกล่าวโทษ ต่อพนักงานสอบสวนเพื่อสอบสวนและดำเนินคดีกับผู้กระทำความผิด อย่างไรก็ตาม มาตรา 317 แห่งตามพระราชบัญญัติหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ พ.ศ. 2535 มาตรา 42 แห่ง พระราชบัญญัติกองทุนสำรองเลี้ยงชีพ พ.ศ.2530 มาตรา 43 แห่งพระราชกำหนดนิติบุคคลเฉพาะกิจเพื่อการแปลงสินทรัพย์เป็นหลักทรัพย์ พ.ศ.2540 มาตรา155 แห่งพระราชบัญญัติสัญญาซื้อขายล่วงหน้า พ.ศ.2546 และมาตรา 94 แห่งพระราชบัญญัติทรัสต์เพื่อธุรกรรมในตลาดทุน พ.ศ. 2550 กำหนดให้ความผิดตามประเภทที่กำหนด สามารถเปรียบเทียบความผิดได้โดยคณะกรรมการเปรียบเทียบที่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังแต่งตั้งโดยให้ถือว่าคดีเป็นอันเลิกกันหากได้ยอมรับการเปรียบเทียบและชำระค่าปรับครบถ้วน ภายในระยะเวลาที่กำหนด สำหรับกรณีความผิดที่ไม่ได้ระบุไว้ในมาตราที่กล่าวข้างต้น ซึ่งไม่สามารถเปรียบเทียบปรับได้หรือกรณีที่ผู้กระทำผิดไม่ยินยอมรับการเปรียบเทียบความผิด ก.ล.ต. จะดำเนินการกล่าวโทษต่อพนักงานสอบสวน กองบังคับการปราบปรามการกระทำความผิดเกี่ยวกับอาชญากรรมทางเศรษฐกิจ สำนักงานตำรวจแห่งชาติ หรือพนักงานสอบสวนคดีพิเศษ กรมสอบสวนคดีพิเศษ กระทรวงยุติธรรม แล้วแต่ลักษณะความผิดเพื่อดำเนินการตรวจสอบหรือรวบรวมพยานหลักฐานตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาต่อไป โดยหากพนักงานสอบสวนเห็นว่ามีการกระทำที่เข้าข่ายเป็นการปฏิบัติฝ่าฝืนกฎหมาย ก็จะส่งเรื่องให้พนักงานอัยการพิจารณาสั่งฟ้องคดีต่อศาลอาญาต่อไป
ขั้นตอนการตรวจสอบและการดำเนินคดีอาญา